আলিপুর আলিম মাদ্রাসার বর্তমান অধ্যক্ষ হলেন মোঃ আব্দুর রহিম। তার পড়ানোর বিষয় হচ্ছে কোরআন ও হাদিস । তিনি একজন অভিজ্ঞ ও শিক্ষানুরাগী শিক্ষা প্রশাসক, যিনি দীর্ঘদিন ধরে মাদ্রাসা শিক্ষার উন্নয়ন ও ছাত্রছাত্রীদের নৈতিক গঠনমূলক শিক্ষায় গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রেখে চলেছেন। তার নেতৃত্বে আলিপুর আলিম মাদ্রাসা শিক্ষাগত ও সাংগঠনিক অগ্রগতির পথে এগিয়ে যাচ্ছে।